Resposta:
A diferença primária entre ambos é que os efeitos do gengutsu são ilusórios; ao invés de atacar o corpo da vítima, como taijutsu ou ninjutsu, técnicas de genjutsu manipulam o fluxo do chakra no cérebro da vítima, conseqüentemente causando uma perturbação nos sentidos
Taijutsu é o nome dado para o sistema de combate desarmado originalmente criado no Japão, pela elite dos guerreiros do Clã Minamoto ao final do período Heian e praticado em relativo sigilo, até por volta do início do período Meiji
O Gengutsu manipula o Chakra para atingir o sistema nervoso do adversário, confundindo e enganando os cinco sentidos (paladar, olfato, visão, audição e tato) para assim criar ilusões.
O Ninjutsu, também conhecido pelo termo Ninpō, é uma arte marcial japonesa que surgiu a partir da necessidade do emprego de espiões durante o período medieval japonês. Consistia num conjunto de técnicas que capacitavam os agentes a agir em todas as situações num campo de batalha.
Espero ter ajudado!